മൃഗശാലയാണ് കോമ്പൗണ്ടിലെ ആകർഷണ കേന്ദ്രം. സെൻട്രൽ മൃഗശാല അതോറിറ്റിയുടെ ആധുനിക മൃഗശാല എന്ന ആശയത്തിന് തുല്യമല്ലാത്തതിനാൽ, പുത്തൂരിലെ നിർദ്ദിഷ്ട പുതിയ സ്ഥലത്തേക്ക് മൃഗങ്ങളെ മാറ്റാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ പുരോഗമിക്കുകയാണ്. മിക്കവാറും മൃഗശാലയിലെ മൃഗങ്ങളെ വരും വർഷത്തിൽ പുതിയ സൈറ്റിലേക്ക് മാറ്റും. നിലവിൽ മൃഗശാലയിൽ 50 ഇനങ്ങളിലായി 470 ഓളം മൃഗങ്ങളുണ്ട്. ഹൈബ്രിഡ് സിംഹം, ബംഗാൾ കടുവ, ഇന്ത്യൻ പുള്ളിപ്പുലി എന്നിവയാണ് മൃഗശാലയിലെ വലിയ പൂച്ചകൾ. ഹിപ്പോപ്പൊട്ടാമസ്, ഒട്ടകപ്പക്ഷി, റിയ, എമു, ചുക്കർ പാട്രിഡ്ജ് തുടങ്ങിയ വിദേശ ഇനങ്ങളാണ് മൃഗശാലയിലെ ഏറ്റവും മികച്ച ഇനങ്ങളിൽ ചിലത്. കരയിലും ജലത്തിലും ഉള്ള ധാരാളം പക്ഷികളെ മൃഗശാലയിൽ പ്രദർശിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്.